尽管2007年改革取得了显著的成绩，但国有企业改革也仍然存在一些问题，主要是治理结构、基础管理以及认识上的偏差等等。
一、治理结构仍须改进
随着股权分置改革的基本完成，中国公司治理的法规和制度的完善大大推进了中国上市公司向国际公司治理水平看齐。目前主要的问题是：
1. 权责还不到位
研究发现，股东在公司重大事项表决权和在董事、监事和独立董事提名权的问题上，中国上市公司100强仍有较大的改进余地。从调查的结果看，仍有42%的上市公司没有落实股东大会对重大事项的表决权。绝大部分上市公司100强都给股东的董事、监事和独立董事的提名权设立了更高的门槛，只有21家上市公司符合国际惯例。
在董事会运作方面，上市公司董事会的状态离积极地、战略型董事会的要求还有很大距离。董事会的会议次数和出席率都不令人满意。对于那些不足于提请股东会决议而又不能放权给经理人的事项，在董事会自身缺乏主动作为的情况下，股东提议召开董事会临时会议权力的行使就变得十分重要。《公司法》第111条的规定是持股10%以上的股东有权提议召开董事会临时会议。对此，71%的中国百强上市公司在其章程中做出了与《公司法》完全相同的规定，没有发现哪家企业向前迈进了一步，降低一点对股东提议召开董事会临时会议所需持股比例的限制。而降低股东通过提议召开董事会临时会议来参与公司治理的持股比例限制，在股改完成、股票逐步全流通、股权逐步分散化的情况下，变得日益重要。
2. 公司治理水平分化
随着时间的推移，上市公司治理水平出现了分化的趋势。在2007年市值最大的100家公司中，综合治理评分竟然有30分的差距。这一趋势意味着，我国上市公司的公司治理水平提升逐渐在从一种完全是迫于监管压力的“强制性制度变迁”过程，转变为一定程度上源自市场压力的、企业自主性的“诱导性制度变迁”过程。我们要相应地调整今后改进公司治理的“政策基调”，不必再过分依赖强制性的具体措施和治理机制安排，逐步增加示范性和可选择性的制度安排。清理有关公司治理的法律和法规中一些僵硬的已经不合时宜的教条和框框，给企业自主性的公司治理改进和创新行为留出更多空间。有关立法和监管机构，也要在其作为“防止、限制和指令”者的同时，担负起保驾护航的角色。
3. 国有垄断性企业的治理问题
在分类比较中，公司治理水平差异显著性最大的是“国有垄断性行业”企业和其他行业企业。22家属于军工、电网电力、石油石化、电信、煤炭、民航和航运等国家要控股的七大行业中的企业，治理水平平均分比这些行业以外的企业低3分。最高分低于其他行业，最低分高于其他行业，也显示出这些行业内企业同受较强的“国有属性”控制而表现不会“太坏”，又因为同享较高的“国有垄断”好处，缺乏市场压力，而不会积极改进，难于表现“太好”。更有效率地配置国有资本，降低单体企业中的国有股权比重，以及打破以国有身份进行的行政性的行业垄断，也许不仅仅是进一步提升中国公司治理水平的要求，也是提高整个中国经济的竞争质量和运行效率的要求。
